Este trabalho é resultado de um estudo realizado nas bacias que drenam as áreas urbanas e rurais de Marechal Cândido Rondon, região Oeste do Paraná. O estudo teve como objetivo avaliar preliminarmente as condições físicas de habitats aquáticos nos córregos em trechos urbanos e rurais através da aplicação de Protocolo de Avaliação Rápida da Diversidade de Habitats. O Protocolo foi aplicado em 18 pontos distribuídos ao longo dos cursos dos córregos Peroba, Matilde-cuê, Guará, Guavirá, Borboleta e Bonito, cujas cabeceiras estão localizadas na sede urbana do município. A aplicação do protocolo classificou os pontos de monitoramento situados nas áreas urbanas nas categorias de Impactado e Alterado, evidenciando a deterioração das condições físicas dos habitats, enquanto que os pontos localizados nas áreas rurais, a melhoria dos índices permitiu classificá-los na categoria de Natural. Os resultados encontrados servirão como subsídio à futuros trabalhos sobre os efeitos da urbanização nas condições físicas dos habitats e também como auxílio no planejamento e gestão mais adequado dos córregos do município.